پژوهشکده لیزر و اپتیک (مرکز تحقیقات لیزر) تا سال 1368 یکی از آزمایشگاه‌های مرکز تحقیقات هسته‌ای آن زمان بوده است و پس از آن تاریخ تا سال 1379 به عنوان یک مرکز مستقل زیر پوشش معاونت پژوهشی وقت سازمان انرژی اتمی به فعالیت خود ادامه داده است و از سال 1379 با مرکز طیف ‌نگاری ادغام گردید و فعالیت‌های خود را در قالب برنامه‌های معاونت پژوهشی آن زمان ادامه داد و از سال 1384 با تاسیس پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای  تحت عنوان پژوهشکده لیزر و اپتیک به کار خود ادامه می‌دهد.